水道事業は、税金でまかなわれている一般会計と異なり、施設の建設や維持管理に必要な経費のほとんどを水道料金でまかなう「独立採算制の原則」のもとに運営されています。そのため、赤字になっても、市の税金などで穴埋めすることはできません。
会計方式も、一般会計(単式簿記)と異なり、民間企業の会計原則に準拠した企業会計方式に基づいた複式簿記を採用しています。
また、施設の耐震化や災害時などを想定した水道施設の安全性を高めるための施設整備や、老朽化した水道管や施設を更新するためには、多額の資金を必要とします。